D'après les études du Baron de Marquessac et de Jean-André Garde, les origines de la Commanderie d'Arveyres dateraient de 1170, lorsque Bertrand de Montauld, archevêque de Bordeaux⁽¹⁾, donne à l'Ordre du Temple l'église Saint-Pierre des Vaux avec presque l'ensemble de ses dépendances. Par la suite, le seigneur de Vayres⁽²⁾ leur céde en l'an 1231 le territoire d'Arveyres situé dans sa châtellerie.
Suite à ces dons, les Templiers décident d'établir leur maison sur une butte sur la rive gauche de la Dordogne, entre le port d'Arveyres et celui de Laroque.

Les seigneurs de Vayres passent également un accord par lequel les Templiers conservent la juridiction d'Arveyres, obtiennent la cession du Bois de Tillhède ainsi que la faculté de faire embarquer leurs denrées sans payer de droits dans les deux ports voisins.
C'est à la suite de cet accord, intervenu en 1264, que sont plantées les quatre croix d'Arveyres qui délimitent la juridiction du Commandeur.

C'est sans doute l'importance stratégique du site qui a décidé les Templiers à faire une commanderie de ce domaine. En effet, celui-ci est situé au débouché de la voie de Périgueux vers Bordeaux et vers l'Espagne, à proximité d'un point de franchissement de la Dordogne.

La Commanderie d'Arveyres a eu pour vocation d'asseoir une seigneurie foncière susceptible de rassembler des revenus pour le financement des expéditions en Terre Sainte. Les propriétés foncières et immobilières de la commanderie étaient nombreuses et réparties sur plusieurs paroisses, mais étaient aussi complétées par des revenus liés à des privilèges de justice établis dans une "Sauveté"⁽³⁾ limitée par les quatre croix plantées autour de la Commanderie. L'ensemble de ce patrimoine conférait à la Commanderie d'Arveyres une place de premier plan dans les commanderies militaires du bordelais.

Ces quatre croix, faites de bois ou de pierre, ont été plusieurs fois restaurées ou remplacées. La croix de Fonsegrède, entièrement en pierre, est la dernière croix qui délimite le domaine des Templiers, sorte de quadrilatère qui représente l'espace où s'exerce la seigneurie de l'Ordre. Elle est située près de l'église Notre-Dame-d'Arveyres.
La croix de Siston est implantée à un carrefour, au lieu-dit Siston, juste en face la cure, probablement un presbytère du 17^ème siècle qui conserve une tourelle et une fenêtre en pierre ornée de vitraux. Le piédestal de cette croix est formé d'une marche sur laquelle est posé un premier bloc de pierre, puis un second bloc plus massif, qui supporte la croix en fer forgé.
La croix de Barre, elle aussi en fer forgé, est située sur une petite butte au bord de la route reliant Vayres à Arveyres. Son soubassement est constitué par une grosse pierre carrée unie, sans ornements, sur laquelle est encastrée une seconde pierre ornée de moulures et d'une guirlande de roses.
La croix de Royne se situait sur le plateau au lieu dit Royne; la croix et son soubassement sont entièrement en pierre. A l'heure actuelle cette croix a disparu.

La Commanderie possédait à l'origine plusieurs bâtiments, dont une grande pièce à un étage flanquée d'une tour et de dépendances. Aujourd'hui le bâtiment principal, qui date probablement de la fin du 15^ème siècle ou du début du 16^ème, abrite les restes d'une cheminée qui porte l'écusson de l'Ordre de Malte. Actuellement, il ne reste que les ruines de la tour et de quelques dépendances, dont une cuisine avec sa cheminée et la bouche d'un four.

L'archéologue Jean-Luc Piat note en 2002: "Plusieurs indices et structures gallo-romaine ont été découverts dans un grand nombre de sondages et ces découvertes jusqu'alors inédites marquent tout l'intêret archéologique du site de la Commanderie. Par ailleurs la présence d'une sépulture sous le couvercle de tuiles à rebord n'est pas sans évoquer la possible existence d'une nécropole gallo-romaine ou paléochrétienne aux abords de ces construction antiques."
Aujourd'hui la mairie d'Arveyres a racheté la propriété afin de redonner vie à ce magnifique site, délaissé par les habitants d'Arveyres.

Suite à la dégradation des bâtiments et à l'utilisation du site en déchèterie illégale, une association a été créée par des habitants d'Arveyres afin de stopper ces dégâts et de revaloriser le site à sa juste valeur. Les différents buts de cette association "Pour la Commanderie d'Arveyres", sont de restaurer, voire rénover les bâtiments, de les utiliser dans un but éducatif et si possible de mettre en place des animations.
Les coordonnées de cette association sont disponibles en suivant ce lien : www.patrimoine33.com