Concernant la commanderie templière, nous ne connaissons pas la date de son implantation, mais le premier texte⁽²⁾ qui nous est connu et qui mentionne l'existence d'une maison du Temple à Amboise date de 1219. Dans cet acte, elle est mentionnée comme domus militioe Templi de Ambasia.
Cette commanderie était située dans la paroisse de Saint-Denis-Hors. Les Templiers y possédaient également un moulin.

L'emplacement occupé par la commanderie est rappelé par divers vocables : Hameau de la Commanderie, rue des Templiers, rue de la commanderie. De ses bâtiments, il ne reste pratiquement rien, hormis une cave voûtée.

Concernant la commanderie hospitalière, nous ne connaissons pas non plus la date exacte de son établissement. Le premier texte mentionnant son existence date de 1307 et elle y est appelée Maison de l'Hopitau d'Amboise.

Par la suite, et à cause de son emplacement sur une île de la Loire, elle sera appelée la commanderie de Saint-Jean-de-l'Ile.

Après l'abolition de l'Ordre du Temple en 1312, la commanderie templière de Saint-Denis passa à l'Ordre de l'Hopital, mais ce n'est que vers 1450 qu'elle sera rattachée à la commanderie hospitalière de Saint-Jean-de-l'Ile.

Après la Révolution de 1789, les bâtiments des deux commanderies et toutes leurs annexes seront vendus comme biens nationaux.

De l'ensemble, il ne reste que la chapelle Saint-Jean, située au milieu de l'île.
Cette chapelle, reconstruite aux alentours de 1742, est bâtie d’un seul jet, en appareil régulier, mesure 18m de long sur 7 de large.