En 1232, les Templiers obtiennent de Władysław Odonicz⁽¹⁾, prince de Grande Pologne, 1000 łan⁽²⁾ de terres dans la région de Kostrzyn, près du village de Chwarszczany, dans un virage du fleuve Myśla.

Les Templiers s'installent alors dans cette région située à la frontière entre la Poméranie, la Grande Pologne et la Marche de Brandebourg, pour des raisons militaires. Ils doivent la défendre, la pacifier et aider à la coloniser. Les chevaliers qui arrivent à Chwarszczany proviennent sans doute de la commanderie de Oleśnica Mała, située à environ 320 km au sud-est.

Vers 1234, le prince de Szczecin, Barnim I^er(3), donne aux Templiers de Chwarszczany 200 łan près de Dargomyśl et en 1241, Bolesław II Łysy⁽⁴⁾, prince de Silésie, leur donne les villages de Lubno et Oborzany.

A la moitié du 13^ème siècle, les biens situés à Chwarszczany se trouvent sous la domination des Margraves de Brandebourg⁽⁵⁾ et les relations qu'ils ont avec les Templiers sont tendues. Les margraves exigent que les Templiers leurs cèdent certains de leurs biens. En 1261, ils parviennent à un accord stipulant que les Templiers renoncent à leurs droits sur des villages situés près de la route de Kostrzyn à Gorzów et à la commanderie de Myślibórz. En échange, ils reçoivent la confirmation de leurs droits sur les domaines de Chwarszczany et de dix villages qui en dépendent et reçoivent en plus les droits sur le village de Kaleńsko.

Avec le temps, les relations avec les margraves de Brandebourg s'améliorent car en 1286, Otton VI⁽⁶⁾, est admis dans l'Ordre à Chwarszczany, qui gagne alors en importance. Dans les années 1290, le commandeur de Chwarszczany, Bernhard von Eberstein (ou Everstein), exerce aussi la fonction de précepteur de Pologne, de la Nouvelle Marche (Neumark), de Bohème et de Moravie.

La dernière information sur les Templiers de Chwarszczany concerne la vente du village de Cychry (Zicher) aux bourgeois de Frankfort en 1308.

La commanderie de Chwarszczany est construite sur une petite colline dans un virage du fleuve Myśla.
Vers la moitié du 13^ème siècle, du coté nord-ouest du terrain, on construit la chapelle romane en granit. Elle est érigée sur base d'un plan rectangulaire avec le chœur du coté est.

Dans les années 1290, elle est détruite et à sa place on construit la chapelle telle qu'on peut encore la voir aujourd'hui. De l'ancienne chapelle il ne reste que la base de la partie ouest avec le portail d'entrée. Le granit a été réutilisé pour construire la base du nouveau bâtiment gothique.

La nouvelle chapelle est également construite sur base du plan rectangulaire et fermée du coté est par une abside pentagonale. L'intérieur est couvert par une voûte en croisée d'ogives appuyée sur des chapiteaux situés entre les fenêtres étroites et longues. Dans les murs est et sud du chœur, on a inséré deux niches de briques. La première servait comme siège et dans la deuxième, on gardait les hosties.

A l'extérieur, toute la construction est renforcée par des contreforts massifs. La façade est encadrée par deux tours cylindriques surmontées d'une coupole. Entre les deux tours, se trouve un portail de pierre et au dessus, une fenêtre à remplage. Au début du 14^ème siècle, l'intérieur est couvert de peintures gothiques. Dans le mur sud, à la moitié de sa longueur, on peut voir l'ancien portail aujourd'hui muré.

Après la chute de l'Ordre des Templiers, tous ses biens passent dans les mains des Hospitaliers, la commanderie de Chwarszczany y compris.
Vers la moitié du 14^ème siècle, les Hospitaliers rénovent l'autel de Saint Catherine et de Saint Jean l'Evangéliste et ensuite, ils l'enrichissent en y ajoutant des peintures qui représentent les apôtres et les vierges saintes.

En 1540, le margrave Jean de Kostrzyń⁽⁷⁾ transfère le siège de la commanderie hospitalière à Świdwin. La chapelle de Chwarszczany est transformée en église protestante, dépendante de celle de Cychry.

En 1758, pendant la bataille de Sarbinowo⁽⁸⁾, tous les bâtiments de la commanderie de Chwarszczany sont détruits et la chapelle gravement abîmée, mais elle sera reconstruite deux ans plus tard.

Au 19^ème siècle, on ajoute la sacristie du coté nord et on enlève l'enduit des murs en découvrant les peintures du Moyen-Age qui sont tout de suite mises en chantier de rénovation. Après la 2^ème guerre mondiale, en 1948, la chapelle revient à l'église catholique. Les peintures anciennes sont recouvertes de badigeon.

Entre 2004 et 2008, des fouilles archéologiques ont été entreprises sur le site, ainsi que des travaux de rénovation et de conservation.