La date exacte de la fondation de cette commanderie par l'Ordre du Temple à Clisson est inconnue, mais elle se situe sans doute dans la deuxième moitié ou même la fin du 12^ème siècle, car en 1213, on retrouve un commandeur pour la maison du temple de Clisson.

A cette époque, l'implantation templière est assez conséquente, car les documents mentionnent que l'Ordre possède presque la totalité de la paroisse Sainte Madeleine, une maison, une chapelle et un cimetière.

Le développement de cette maison templière au début du 13^ème siècle est sans doute à l'origine des problèmes entre l'Ordre et le seigneur Guillaume de Clisson⁽¹⁾.
Les archives mentionnent que Guillaume, sire de Clisson, s'est permis d'envahir le domaine du temple, de le ravager, d'y prendre des biens et même de poursuivre un vassal de l'Ordre jusque dans le cimetière de la commanderie et de l'y tuer.
Suite à cette agression, le commandeur demande justice à l'évêque de Nantes⁽²⁾ et Guillaume de Clisson est obligé de restituer à l'Ordre l'ensemble des biens spoliés, et doit même lui abandonner certains droits et taxes qu'il possédait dans son fief. L'accord mentionne également qu'il est interdit à l'Ordre de tenir foires et marchés dans son domaine.

En 1235, Guillaume Sauvage, vassal du seigneur de Clisson, ainsi que sa femme et avec l'assentiment de leurs enfants, font don à l'Ordre du Temple de tous les droits qu'ils possèdent dans les villages aux alentours de la maison du Temple.

En 1312, à la dissolution de l'Ordre et l'attribution des ses biens aux Hospitaliers de Saint-Jean, ceux-ci vont réunir le domaine de Clisson aux propriétés qu'ils possédaient à proximité du château.

Concernant ce domaine des Hospitaliers de Saint Jean à Clisson, nous n'avons malheureusement pas ou peu d'informations le concernant.
On sait qu'en 1217, un document mentionne que Guillaume de Clisson reconnait avoir pris une certaine propriété de la Sainte Maison de l'Hopital afin d'y ériger des murs et une partie des douves de son château et qu'en échange, il donne à cette maison de l'Hopital une autre terre contigüe aux fossés de son château et libre de droits.