La première mention d'Irissarry remonte à la fin du 12^ème siècle et est issue du Livre d’Or de Bayonne : un acte daté de 1194 cite "l'Hospitale et oratorium de Irizuri" dépendant de l’Ordre des Hospitaliers de Saint-Jean-de-Jérusalem⁽¹⁾.
A ce moment, il semblerait que les Hospiatliers ne possédaient à cet endroit qu'une maison et un oratoire, ce qui signifierait qu’à cette période Irissarry n’est pas encore une paroisse.

L'implantation d'une maison hospitalière à cet endroit et les travaux de défrichement entrepris par les frères de l'Ordre vont assurer un certain développement à la région, et vers la moitié du 14^ème siècle, on peut compter la présence de 26 feux⁽²⁾ répartis sur l'ensemble du domaine géré par la commanderie.

Au cours du 16^ème siècle, dans un contexte politique mouvementé, diverses sources mentionnent que la commanderie d'Irissarry est délaissée. Cette période est marquée par une augmentation de la population et par la naissance du bourg. Les abords de la commanderie sont progressivement investis par les habitations dès le début du siècle. Ce regroupement de l’habitat autour de la commanderie est à l’origine de la formation de la petite agglomération.

La commanderie sera reconstruite et son domaine remis en gestion par frère Martin de Larrea, commandeur d'Irissarry entre 1603 et 1616.
Les 17^ème et 18^ème siècles se caractérisent par une augmentation considérable du nombre de feux sur l’ensemble du territoire favorisant davantage encore le développement d’un habitat dispersé.

Jusqu’à la Révolution, la commanderie apparaît comme la seule maison seigneuriale chargée d’exploiter le territoire agricole d’Irissarry. L’architecture particulièrement massive de la commanderie reflète la symbolique que voulait y insuffler l’Ordre et en particulier frère Martin de Larrea.
La maison de l'Hopital répond aux caractéristiques des demeures nobles de Basse-Navarre⁽³⁾ au début du 18^ème siècle : plan carré ou rectangulaire, toiture à double pente, partition intérieure en travées longitudinales.
La maison est, à cette époque, complétée par des dépendances. La façade orientale, couronnée sur les angles par deux anciennes échauguettes, donne sur une cour autour de laquelle sont disposés successivement une grange, un four à pain, une aire à battre le grain, un pressoir à pommes, une volière et un parc à bestiaux.
Cette symbolique ostentatoire de la commanderie est encore accentuée par la situation topographique de l’édifice, légèrement en hauteur par rapport aux habitations voisines.
Le domaine foncier dépendant de la commanderie est composé de plusieurs parcelles réparties sur son ensemble. On y trouve notamment des jardins et vergers, des possessions forestières et des moulins à farine.

La période révolutionnaire marque un profond changement dans la vie de la communauté villageoise. Les chevaliers de l’Ordre sont contraints de quitter leur fief d’Irissarry. La commanderie est saisie par l’Etat et vendue comme bien national en 1795.
L’ancien palais devient alors propriété de familles locales. Le bâtiment a une fonction agricole essentielle jusqu’à sa réhabilitation en 2001.