Dès le 10^ème siècle, la tribu balte des Yotvingiens⁽¹⁾ occupait cette région et avait érigé un gród⁽²⁾ au sommet d'une petite colline située sur les rives d'un lac actuellement appelé "Lac de Kornatowo".

Après la bataille de Durbe en 1260, l'ensemble des tribus Prusses⁽³⁾, ainsi que plusieurs tribus Baltes dont celle des Yotvingiens commandée par leur chef Skomantas⁽⁴⁾, se soulève contre l'Ordre Teutonique. Mais par manque d'unité, chaque tribu est défaite l'une après l'autre et hormis quelques révoltes sporadiques postérieures, ce Grand Soulèvement Prussien⁽⁵⁾ prend fin vers 1275.

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Dans les années qui suivent la fin de ce soulèvement, l'Ordre continue son expansion et s'empare alors de plusieurs gróds fortifiés situés aux confins occidentaux de la zone d'influence de la tribu des Yotvingiens, dont celui de Lipienek. Les fortifications en bois de Lipienek ne résistent pas longtemps à l'assaut des Teutoniques et la place est conquise vers 1277. Tous les habitants et défenseurs sont tués ou réduits en esclavage.

Au cours du premier quart du 14^ème siècle, l'Ordre Teutonique décide de renforcer cette place forte et débute la construction d'un château en pierres et en briques, à l'endroit de l'ancien gród.

Ce château était composé de deux parties, le château haut, occupant le sommet de la colline et une basse-cour en contrebas. Le château était protégé au nord par le lac et les trois autres côtés par une douve d'environ 20m de large et de 5m de profondeur, connectée au lac. Une porte à pont-levis située dans la muraille orientale de la basse-cour permettait l'accès à l'ensemble du château.

Le château haut formait un carré pratiquement parfait, caractéristique de nombreux châteaux de l'Ordre, d'environ 39 m de côté. La cour intérieure était ceinturée par un cloître sur deux niveaux, chacun de ceux-ci donnant accès aux différentes salles du château. En outre, il possédait une haute tour dans l'angle nord-est. La basse-cour était de forme trapézoïdale, avec la base la plus longue du côté est, celui de la porte fortifiée. Cette basse-cour comportait plusieurs types de bâtiments dont une grange, une étable, une écurie, une forge, une brasserie,… La surface de la basse-cour était d'environ le double de celle du château, entre 2500 et 3000 m².

Dès le début de sa construction, le château a été élevé au rang de siège du commandeur de la Terre de Chelmno, un des dignitaires de l'Ordre dépendant directement du Grand-maître de Malbork.

En 1330, lors du conflit entre l'Ordre Teutonique et le roi de Pologne Władysław IV Łokietek, ce dernier met le siège devant le château mais ne parvient pas à s'en emparer. Le 18 octobre de cette même année, le roi signe un cessez-le-feu avec l'Ordre et se retire de Lipienek, en laissant toute la région ravagée par plusieurs mois de siège. Après la défaite de l'Ordre Teutonique à Grunwald⁽⁶⁾ en 1410, le château tombe entre les mains des troupes polonaises qui l'abandonnent quelques mois plus tard après l'avoir pillé de tous ses trésors. L'année suivante, en 1411, l'Ordre récupère le château mais le laisse aux mains du pouvoir civil de la petite ville.

Après la Guerre de 13 ans⁽⁷⁾, il revient à nouveau entre les mains du roi de Pologne qui y établit le staroste de la région. Lors de la longue guerre entre la Pologne et la Suède⁽⁸⁾ au 17^ème siècle, le château est ravagé et pratiquement détruit.

A l'état de ruine complète, il reste des fragments impressionnants du mur d'enceinte du château-haut et de de la basse-cour, ainsi que plusieurs caves voûtées.