Conquis par les musulmans au 8^ème siècle, la forteresse de Peñiscola est assiégée une première fois, en vain, en 1225 par le roi d'Aragon Jayme 1^er.
En 1233, le roi parvient à s'emparer de l'importante cité musulmane de "Medina Alhadra"⁽¹⁾ et coupe ainsi une importante voie de ravitaillement pour les territoires musulmans situés plus au nord. Suite à la prise de cette cité et devant un nouveau siège qui s'annonce, la cité de Peñíscola se rend sans lutte et sous condition de traités qui respectent les lois et coutumes sarrasines.

Le 22 février 1251, Jayme 1^er accorde une "charte de repeuplement" (carta-puebla ou carta de población) à la cité, charte qui enlève aux musulmans tous leurs biens et propriétés qui sont transférés aux nouveaux occupants chrétiens. L'application de cette mesure entrainera dans la foulée un important essor démographique et économique de la ville, inaugurant ainsi une ère de prospérité.

Vue du Château de Peniscola
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Après un litige de propriété entre la famille de Moncada⁽²⁾ et l'évêque de Saragosse⁽³⁾, le roi Alphonse III arbitre le conflit et en 1286 attribue définitivement le château et la cité de Peñiscola à Don Artal de Alagon⁽⁴⁾ qui le gardera jusqu'en 1293, date ou il réalise un échange avec le roi Jayme II et lui restitue le château et la ville.

Le 27 août 1294, frère Bérenger de Cardona, alors maître de l'Ordre du Temple en Aragon et en Catalogne convient avec Jayme II l'échange de la ville de Tortosa contre les châteaux de Peñíscola, Ares, Coves et encore d'autres lieux.
Le maître de l'Ordre, Jacques de Molay alors en déplacement en Occident, paraphe cet acte d'échange.

C'est donc entre 1294 et 1307 qu'est construit l'actuel château templier sur base de l'ancienne forteresse musulmane. Les deux maîtres d'oeuvre de cette construction étaient d'une part Bérenger de Cardona, déjà mentionné ci-dessus, et frère Arnauld de Banyuls, le premier commandeur de Peñíscola.

Après la dissolution de l'ordre du temple en 1312, Peñiscola revient entre les mains de Jayme II pour quelques années. En 1317, l'Ordre de Montesa voit le jour et le roi leur remet officiellement la forteresse dont il prendront possession définitivement en 1319.

Peñíscola et sa cité sont également très connus par le fait qu'en 1411 et jusqu'en 1423, Pedro de Luna, le pape(ou anti-pape) Benoit XIII, y a établi sa résidence⁽⁵⁾ et y a procédé à de nombreux aménagements pour transformer le château en palais pontifical.
Malgré ces aménagements, le château Il montre une architecture au caractère roman pur et de style cistercien, austère et martial. Par son état de conservation et sa typologie constructive, il s'agit du plus important vestige architectonique de l'Ordre du Temple dans tout l'occident.