L’origine de la commanderie est datée de 1228, date ou l’on retrouve la donation faite au Temple par Henri 1^er de Vianden⁽¹⁾ et son épouse Marguerite de Courtenay de la basilique de Roth qui est en fait une petite église romane. L’Ordre construit alors un château et un moulin et que viennent compléter un nombre important de terres.

En 1248, Henri de Vianden fait venir de Picardie des frères de l’Ordre de la Sainte Trinité et de la Rédemption des Captifs pour leur rendre hommage et les remercier d’avoir libéré son fils Frédéric ⁽²⁾.
Cette même année, Maître Dyon, recteur de l’église des Templiers de Roth accepte que les Trinitaires occupent l’hôpital légué par le comte, qu’ils y habitent et qu’ils tiennent la messe au château.

Intervient alors le premier différent entre les deux ordres : Les trinitaires ayant fait construire une église en dehors du château dans leur cloître, ils veulent toucher les revenus de celle-ci, mais comme Vianden dépendait de la paroisse de Roth, les Templiers portent l’affaire devant la juridiction de Trèves.
En 1256, l’archevêque⁽³⁾ scinde la paroisse en 2 avec la rivière comme frontière. Les Templiers font alors construire sur leur partie de Vianden, dans la Neustaad (nouvelle ville), une chapelle et érigent une commanderie avec pour commandeur Hermann. Ils gardent le droit de toucher les dîmes de Vianden mais par la suite, comme le curé de Roth est trop loin de Vianden, le curé de Vianden reviendra au Comte Philippe et la chapelle du cloître des trinitaires deviendra église paroissiale. La commanderie est abandonnée et l’église Saint Nicolas attendra 1311 pour être consacrée.
L’arrangement est approuvé par frère Foulques de St. Michel, Maître des maisons de l’Ordre en France.

Un autre conflit intervient un peu plus tard sur des terrains que le comte Philippe de Vianden⁽⁴⁾ donne aux trinitaires alors que son père les avait donnés aux Templiers. Cette fois l’affaire va jusque Rome et l’évêque de Verdun⁽⁵⁾ excommunie (en préventif) le comte, le comté, et le chanoine Allard⁽⁶⁾ ministre général de l’Ordre des trinitaires.
En 1262 l’archevêque de Trèves⁽⁷⁾ obtient un accord entre les parties et le 10 mars, Robert, recteur de Roth, Humbert de Perrault, supérieur de l’Ordre en France, le comte Philippe de Vianden et son épouse Marie conviennent de 5 points :

1. L’église de Roth et tous ses droits jusqu’à l’Our appartiennent aux Templiers.
2. Le bois entre la léproserie et Obersgeben ainsi que les terres appartiennent aux Templiers.
3. Les Templiers peuvent y aménager un étang.
4. Le comte peut faire une église paroissiale à Vianden et peut y percevoir les dîmes à condition de payer 60 sols en monnaie de Tours ou de Provins en reconnaissance de l’ancienne sujétion de la ville.
5. L’Our formera la frontière entre les paroisses et il ne pourra y avoir d’extension de part ou d’autre.

Les parties se mettront d’accord pour remettre à l’archevêque de Trèves au plus tard à la pentecôte les pièces ayant trait à l’excommunication afin d’être brulées.
Les Templiers ne seront pas poursuivis après 1308 et les procès de Mayence dirigés par l'archevêque Pierre d’Aspelt⁽⁸⁾ montrent que les interrogatoires n’ont révélé ni magie ni hérésie et les accusés ont pu rentrer chez eux.
Les biens des Templiers sont passés aux Hospitaliers en 1312 et on ne retrouve que peu de traces. Les biens ont-ils été vendus par les uns ou par les autres ? En tout cas, dans l’inventaire de 1472, les chevaliers de Malte figurent pour 4 livres alors que l’abbaye d’Echternach figure pour 80 livres et les trinitaires de Vianden pour 12 livres.