On ne connait pas avec exactitude la date d'installation des Templiers à San Gimignano. La première mention d'une préence de l'Ordre du Temple dans les actes ne date que de 1221. On parle à ce moment de l'installation d'un "hopital" templier près de la porte San Jacopo auquel était attaché une église dédiée au même saint.
Cet hopital, situé le long de la "Via Francigena"⁽¹⁾ avait fonction d'offrir un lieu de repos pour les pélerins se rendant d'une part à Saint-Jacques de Compostelle en suivant une partie de cette route depuis le sud et le centre de l'Italie, et d'autre part à Rome, sur le tombeau de Saint Pierre en venant du nord de l'Europe.

Cette période d'installation de cet hopital coïncide avec les constatations faites lors de fouilles archéologiques faites autour de l'église à partir des années 2000.

Au milieu du 13^ème siècle, quelques dizaines d'années seulement après son installation, la situation économique de cet établissement était très mauvaise. Un acte daté du 10 juillet 1261 mentionne que l'hopital templier a reçu un prêt de 10 lires d'argent d'un certain Richardino fu Scotto et qu'il s'engage à le rembourser dans un délai de 11 mois, donnant comme garantie "se et suos successorres et bona omnia dicte domus predicte" (lui-même et ses successeurs et tous les biens de ladite maison).

Lors de la dissolution de l'Ordre du Temple en 1312, l'église et l'hopital sont confiés à l'Ordre des Hospitaliers de Saint-Jean. A la fin du 16^ème siècle, ils sont transférés à l'hôpital de l'Église du Saint-Sépulcre à Pise. Une visite prieurale effectuée à cette occasion montre que l'établisssement est complètement dévasté et en ruines. Seule l'église semble en bon état. Quelques dizaines 'années plus tard, celle-ci et ce qu'il reste des autres bâtiments est à nouveau transféré aux Hospitaliers de san Gimignano, dépendant à ce moment là du couvent de San Girolamo situé tout à côté. En 1637 les religieuses de ce couvent obtiennent l'autorisation de construire un pont reliant leur couvent et l'église de San Jacopo.

L'état actuel de l'église résulte d'une campagne de restauration et de rénovation entamée au milieu du 20^ème siècle.

Au niveau architectural, le bâtiment de l'église est constitué d'une nef unique rectangulaire. La partie inférieure est constituée de blocs de travertin taillés et ajustés en rangées horizontales, alors que la partie supérieure a été réalisée en briques. La façade ouest comporte la porte principale ornementée de deux figures anthropomorphes (une cariatide est reconnaissable sur la gauche), une croix pattée gravée en relief sur le linteau surmonté d'un arc voûté en plein cintre, et d'un oculus réalisé en briques moulées.

La nef est divisée en cinq travées séparées par des arcs transversaux et couverte par une voûte en brique. Le mur du fond est décoré de trois fresques datées du 14^ème siècle :

1. Une Vierge à l'Enfant trônant avec les saints Jacques et Jean l'évangéliste
2. Une Crucifixion
3. Une Déposition au Sépulcre

Sur les colonnes de la dernière travée, on peut aussi remarquer les représentations de Saint Jean Baptiste sur la colonne de gauche et une représentation de Saint Jacques sur la droite