L'installation des Templiers dans le "Patrimonium beati Petri in Tuscia"⁽¹⁾ et plus particulièrement dans la région de Perugia a débuté à partir de 1237, comme ça nous l'est confirmé dans deux actes du pape Grégoire IX conservés dans les archives du Vatican.

Le premier acte, daté du 9 décembre 1237, nous indique que Grégoire IX veut réformer un monastère bénédictin victime de mauvaise gestion, tant sur le plan matériel que spirituel et qui était incapable de se relever par ses propres moyens, en le transférant aux Frères de l'Ordre du Temple, un ordre religieux alors absent de cette partie des Terres de l'Eglise.

Le second acte, daté du 24 avril 1238, confirme le précédent et mentionne la concession à l'Ordre du Temple du monastère de San Giustino, des biens qui lui appartiennent et des églises qui lui sont soumises en échange d'un cens annuel d'un besant d'or à verser au Trésor Pontifical. L'Ordre devait aussi assurer la présence de quatre frères chapelains oeuvrant au service du monastère et devait en outre veiller à ce que les tenanciers des domaines liés au monastères respectent leurs obligations envers celui-ci.

La prodigalité du pape Grégoire IX envers l'Ordre du Temple n'est pas étrangère à la présence de Frère Bonvicino⁽²⁾ dans son entourage. En effet, celui-ci membre de l'Ordre, faisait partie de la Famille pontificale⁽³⁾ et occupait la fonction de "Cubiculaire"⁽⁴⁾ du pape.

Les Templiers et ensuite les Hospitaliers ont bien transformé le noyau monastique établi par les bénédictins à San Giustino. En effet, d'après les documents conservés dans les archives de l'Ordre de Malte à Rome et à la Bibliothèque nationale de Malte, il semble que l'église ait été flanquée d'une grande cour centrale, qui n'existe plus aujourd'hui.
Cette cour intérieure était fermée par des annexes agricoles et par les bâtiments de l'aile résidentielle, c'est à dire le bâtiment des frères de métier et la maison du commandeur qui possédait une petite tour encore visible aujourd'hui et légèrement en saillie par rapport aux autres bâtiments.

Déjà à l'époque bénédictine, San Giustino de Arno possédait plusieurs établissements religieux dans la région. Parmi ceux-ci, figurait l'église de Santa Maria di Ripa, située à environ 8km au sud de San giustino.