Cette maison templière est fondée par Roger de Builli⁽¹⁾ au cours du règne du roi Etienne. Simon de Cancy, William de Roumare⁽²⁾, comte de Lincoln, son demi-frère Ranulf⁽³⁾ comte de Chester, Hugues de Bayeux, Robert de Boulogne, Simon de Vere et encore d'autres seigneurs normands ajoutèrent des biens et des droits à la donation initiale de Roger de Builli.
Il est probable que la commanderie de Willoughton possédait aussi un manoir à Mere, près de Lincoln.

En 1275, les frères de Willoughton sont accusés d'étendre leurs domaines sans autorisation et de provoquer des dommages au Roi et aussi aux différends domaines de la campagne environante.
Ils construisent un barrage sur leur domaine de Bracebridge plus petit qu'il ne devait l'être, ils empêchèrent l'écoulement des eaux à Grimsby, ils construisent un haut mur sur la "Route Royale"⁽⁴⁾, et y établissent une dépendance libre, ne payant aucune taxe.

En 1312 quand l'Ordre est supprimé, le domaine de Willoughton reste entre les mains du Roi et sous la gestion d'un gardien. Ce n'est qu'en 1338 que le domaine passera dans le giron des Hospitaliers. A ce moment, son commandeur en est aussi le chapelain. La commanderie avait aussi deux petites dépendances à Horkstow et Bottesford.

En 1415, les commanderies de Willoughton et de Eagle sont réunies sous la direction d'un seul frère, sans doute John of Allanby, mais à la Dissolution⁽⁵⁾, ces deux commanderies étaient à nouveau gérées séparément.

La donation initiale faite par Roger de Builli, était assez conséquente. Elle incluait la quasi totalité de la ville de Willoughton ainsi qu'une partie des revenus de l'église, les églises des villages de Hareby, Goulceby, Thorpe, Bottesford, et Gainsborough, et des terres à Cawkwell, Goulceby, Hareby, Kirkby, Bottesford, Bracebridge, Caenby, et Grimsby.
En 1338, quand la maison se tretrouva en possession des Hospitaliers, elle possédait toujours les églises de Gainsborough, Goulceby, Thorpe-in-the-Fallows, et la moitié de la ville de Willoughton, et des terres à Cawkwell, Thorpe, Ingham, Cabourn, Limber, Saxby, Mere, Waddington, East Keal, Claxby, Thimbleby, Gainsborough, et Walcote.