On ne sait pratiquement rien à propos du moment de l'installation des Templiers à Aiguaviva. Certaines sources parlent de l'année 1192, d'autres de 1208, mais sans donner de détails.

Néanmoins, un document daté de 1208 mentionne un commandeur à Aiguaviva nommé Berenguer d'Arbós, ce qui nous permet de dire que la commanderie existait bel et bien à cette date et sans doute depuis déjà quelques années.

En 1245, un autre document parle de la commanderie en la nommant "domus Militie de Aiguaviva".

La commanderie était composée d'une grande exploitation agricole à laquelle était accolée une chapelle dédiée à Sancta Magdalena. La commanderie possédait également des domaines près de Gérone et une chapelle dédiée à Santa Maria dels Madrenys dans la paroisse de Vilablareix⁽¹⁾.

Lors de la dissolution de l'Ordre du Temple en 1312, le domaine d'Aiguaviva sera transféré aux Hospitaliers de Saint-Jean. Ceux-ci continueront de gérer et d'étendre le domaine jusqu'au 19^ème siècle.

En 1660, une visite prieuriale décrit précisément l'ensemble du domaine bâti d'Aiguaviva. Cette description correspond pratiquement à l'état actuel des bâtiments.