En 1185, la reine Adèle de Champagne⁽¹⁾, veuve de Louis VII, donne tout le village de Chalou-Saint-Aignan⁽²⁾ à l'Ordre du Temple. Son fils, le roi de France Philippe II Auguste et le pape Clément III, confirment cette donation l'année même.

Avec cette donation, qui comprend non seulement les terres du village de Chalou, mais également tous les droits afférents, les Templiers deviennent seigneurs et dépositaires des droits de basse, moyenne et haute justice⁽³⁾ sur ce domaine.

Les bâtiments de la commanderie se trouvaient au centre du village. Elle était composée d'une maison pour le commandeur, d'une ferme, de moulins et d'une chapelle. Deux étangs jouxtaient aussi la propriété de la commanderie, dont un de 44 arpents⁽⁴⁾ portait le nom de "Grand Etang de Moulineux".

La commanderie de Chalou avait plusieurs dépendances, dont les maisons d'Etampes, la maison de Ramoulu, la maison du Perray, la maison du Saussay, la maison de La Boutière et celle de Mignères.

A Ramoulu, les Templiers possédaient une maison qui a été donnée en même temps que le domaine principal de Chalou. En 1373, après le transfert de la propriété aux Hospitaliers, cette maison était louée à ferme et comptait 150 arpents de terres. Au 17^ème siècle, il ne reste qu'une grange destinée à renfermer des récoltes et le produit des dîmes.

Au hameau de Le Perray, situé entre les paroisses de Sceaux-du-Gâtinais et Beaumont-du-Gâtinais, à la limites des actuels départements du Loiret et de Seine-et-Marne, l'Ordre possédait une métairie⁽⁵⁾ avec une trentaine d'arpents.

Au hameau de la Boutière, actuellement appelé La Bottière, situé à la sortie de Sceaux-du-Gâtinais, sur le même axe que le hameau de Le Perray, l'Ordre possédait une métairie avec 60 arpents de terre.

Au hameau du Temple à Mignières, l'Ordre possédait une métairie avec une cinquantaine d'arpents de terres. Cette maison a disparu à la fin du 17^ème siècle.

Lorsque les Hospitaliers prendront possessions de Chalou en 1312, il la renommeront en commanderie d'Etampes. Ils sépareront aussi la maison de Saussay pour en faire une commanderie à part entière, mais ajouteront, au fil du temps et en compensation de la perte de revenus, leurs domaines de Chenay, Pilvarnier, La Donaison, La Roche-Liphard et Fontenelle.

L'entièreté du hameau de Le Chenay (Le Chesnay), situé au nord-ouest d'Etampes, sera donné en 1374 à l'Ordre de l'Hopital par Louis, comte d'Etampes, à la place d'une rente annuelle de 10 muids⁽⁶⁾ de froment qu'il devait à la commanderie d'Etampes.

En 1179, les archives mentionnent que les Hospitaliers sont les bénéficiaires de la dîme de Pilvarnier. Une charte datée de 1290 mentionne qu'une certaine dame Alice de Barville se donne de corps et de biens à la maison de l'Hopital de Pilvarnier. Cette maison a donc été fondée entre ces deux dates.
En 1474, le domaine de la commanderie sera vendu au roi de France, Louis XI⁽⁷⁾, qui désirait en faire un relais de chasse.

On ne connait pas exactement la date d'installation de l'Ordre de l'Hopital dans le hameau de La Donaison, au sud de la paroisse de Sury-aux-Bois. On sait juste qu'au 16^ème siècle, le domaine était constitué de 27 arpents de prés, 700 arpents de terre labourable et 2000 arpents de bois de haute futaie.

On ne connait pas non plus avec exactitude la date d'installation des Hospitaliers à la Roche-Liphard, hameau au nord de Dourdan. Au 16^ème siècle, le domaine était constitué d'une maison, d'une chapelle et de 45 arpents de terres. Dans la 2^ème moitié du 18^ème siècle, la chapelle et la maison ont disparu et il ne reste que 28 arpents de terre qui sont affermées à un tenancier.

A Fontenette, les Hospitaliers possédaient 260 arpents de terres, ainsi qu'une chapelle dédiée à Saint-Blaise. En 1495, il est mentionné dans un procès verbal de viste prieurale que la chapelle est "fort vieille".