Denny était l'un des deux hôpitaux de l'Ordre en Angleterre qui nous sont connus, l'autre se trouvant à Eagle, près de Lincoln.
Le commandeur des lieux est mentionné dans les archives sous le vocable de Custos Infirmorum et devait avoir des connaissances en médecine.

Lors de fouilles effectuées sur le site, on a découvert des sépultures montrant des squelettes avec des marques de maladies dégénératives et des problèmes articulaires qui ont pu être causés par les entraînements et les combats auxquels ces guerriers ont été soumis tout au long de leur vie.
Une sépulture découverte près de la porte ouest montre une caractéristique peu habituelle : le corps a été enseveli avec un calice en étain et un disque en plomb décoré d'une croix géométrique. Selon les hypothèses, cette tombe est peut-être celle d'un chapelain de l'Ordre.

D'après les sources, la première construction présente sur ce site a été une église bâtie par des moines de l'Ordre des Bénédictins en 1159.
En 1170, l'église a été vendue aux Templiers. Les circonstances de cette transaction ne sont pas clairement établies, mais il pourrait que ce soit en paiement d'une dette. Suite à cette vente, Denny sera la première implantation templière en Cambridgeshire.

Lorsqu'ils prennent possession de l'église bénédictine, les Templiers y ajoutent un bâtiment qui deviendra par la suite la maison de retraite, mais aussi un hôpital pour les vétérans de l’Ordre.
Peu après, les Templiers commencent à construire des bâtiments un peu partout sur le site pour pourvoir à leurs besoins essentiels. Ca a du être un défi pour ces nouveaux occupants que de drainer un espace de marais et d'îlots en dessous du niveau de la mer et de faire en sorte que ces terres soient auto-suffisantes autant que possible.

L'inventaire établi en 1308, après l'arrstation des Templiers en Angleterre, montre que les frères de Denny vivaient selon les principes de la vie monastique, une vie saine et simple.
Les seules pièces de valeurs qui ont été trouvées dans la chapelle sont quelques calices en argent, des bols et quelques vêtements en soie. Denny était renommée pour sa grande bibliothèque, mais en 1308, il n'y avait plus que quelques livres.

Parmi les vieux Templiers arrêtés à Denny, un était fou et deux autres infirmes. Au total, ils n'étaient pas plus d'une douzaine. Juste après leur arrestation, ils seront tous transférés au château de Cambridge jusqu'au 30 septembre 1309, et ensuite, ils seront remis au Prévôt de la Tour de Londres.
Lors de l'interrogatoire des survivants de ces frères, William de La Forde, Précepteur de Denny, déclare qu'il appartenait à l'Ordre depuis 42 ans et qu'il avait assisté à l’admission d'environ une centaine de frères.

A cause de leurs diverses infirmités, les Templiers de Denny seront autorisés à faire pénitence dans l’église de "Tous les Saints" (All Hallows Church) située à côté de la Tour de Londres. Par la suite, ils seront libérés mais devront retourner dans leur région et finir leurs jours à Denny.

Après 1312, les Hospitaliers hériteront, comme presque partout en Europe, des possessions templières de la région, mais contrairement aux autres commanderies, ils ne semblaient pas très intéressés de continuer le développement de Denny.

En 1336, Marie de Saint-Pol⁽¹⁾ reçoit le dommaine de Denny du roi d'Angleterre Edouard III et en fait don quelques années après, en 1342 aux franscicains établis dans le village voisin de Waterbeach qui le garderont jusqu’à la Dissolution⁽²⁾. Par la suite, l’abbaye fut utilisée comme exploitation agricole jusque dans les années 1960.
A l’heure actuelle, l’ensemble est un musée de la vie rurale.