Après la chute de Jérusalem en 1187, le siège du Patriarcat est transféré à Tyr et ensuite à Saint-Jean-d'Acre en 1191.
Après la prise de Saint-Jean-d'Acre et la fin des Etats Latins d'Orient, le Patriarcat disparait territorialement parlant, mais le pape continue de nommer des patriarches titulaires et leur accorde la Basilique Saint-Laurent-hors-les-Murs à Rome comme siège à partir de 1374.