La commanderie de Duxford a été établie sur une terre donnée à l'Ordre par un membre de la famille Colville⁽¹⁾. A l'époque, le village portait le nom de Duxworth.

Lors du chapitre tenu à Londres à Pâques 1273, le maître d'Angleterre, Gui Foresta accorde un bail pour des terres à Pampisford (à environ 3 km de Duxford) dont la rente devait être payée à la maison du Temple de Duxworth.
Cette mention est la plus ancienne concernant cette commanderie.

John of Moun (ou de Mohun), le commandeur de Duxworth, est arrêté avec les autres Templiers d'Angleterre le 10 janvier 1308.
Il semblerait qu'il n'y avait aucun autre frère avec lui dans la commanderie au moment de l'arrestation. D'ailleurs, le compte-rendu des biens de la commanderie, effectué au moment de l'arrestation, ne mentionne la présence que d'un seul lit avec ses fournitures dans la seule chambre du bâtiment.

La commanderie occupait aussi 15 serviteurs, qui habitaient sans doute à l'extérieur, au nombre desquels se trouvaient des fermiers et des valets de ferme, un cuisinier, un portier et le serviteur de John of Moun.

Le 03 juin 1309, Duxford, ainsi que Denny Abbey sont remis entre les mains de Roger de Wingfield⁽²⁾ qui sera établi comme gardien des domaines templiers du Cambridgeshire et de l'Oxfordshire jusqu'en 1313, moment de leur remise entre les mains des Hospitaliers.