On ne connait pas avec exactitude la date de l'implantation des Templiers à La Rochelle, mais ce devait être dès le début du développement de la ville, car en 1139, Aliénor d'Aquitaine, alors reine de France⁽¹⁾ et duchesse d'Aquitaine fait plusieurs dons aux Templiers installés en ville dont des moulins ainsi que plusieurs privilèges.

Un acte de 1205 mentionne le nom de plusieurs Templiers résidant à La Rochelle, dont frère Elie de Burzac, le commandeur.

Les Templiers occupaient un vaste terrain clos au centre de la ville, comprenant une maison, une chapelle et plusieurs dépendances. La maison se développe rapidement et les dons affluent de plusieurs seigneurs, du plus petit seigneur local jusqu'au roi d'Angleterre. Leurs domaines s'étendent dans et hors de la ville, dans plusieurs communes et paroisses.

Excellents administrateurs terriens en plus de leurs autres qualités, les Templiers s'associent avec plusieurs abbayes et font creuser des canaux qui mettront en valeurs les marais qu'ils possèdent dans la seigneurie de Marans, à une vingtaine de kilomètres au nord de La Rochelle. En outre, les Templiers de La Rochelle exercent des activités bancaires et commerciales pour le compte du roi d'Angleterre, Jean "Sans Terre" et son successeur Henry III. Ils servent notamment d'intermédiaires pour le règlement des dépenses dues à la défense des domaines poitevins.

Au cours de la guerre franco-anglaise qui se déroule au 13^ème siècle, les Templiers obtiennent du roi d'Angleterre des lettres de sauvegarde qui leur permettent de poursuivre leurs activités commerciales, et notamment le négoce du vin vers l'Angleterre et la Flandre.
Au 13^ème siècle, la puissance et l'opulence des Templiers leur font avoir des soucis avec les bourgeois de la ville et même avec le Roi d'Angleterre. Celui-ci demande même l'arbitrage du pape pour régler ses conflits avec l'Ordre.

Le dernier commandeur templier de La Rochelle était frère Guillaume de Legé. Arrêté en 1307 lors de la grande rafle commandée par Philippe le Bel, il avouera lors de son interrogatoire avoir 80 ans, être frère sergent et avoir été reçu dans l'Ordre vers 1245 à l'âge de 18 ans.
Il aura été commandeur de La Rochelle pendant près de 40 ans, car le premier acte le mentionnant comme tel est daté de novembre 1269.

Affectée comme les autres commanderies de la région par la Guerre de Cent-Ans, la commanderie de La Rochelle perdra de sa puissance au fil du temps, pour ne rétablir sa situation qu'au milieu du 15^ème siècle, sans toutefois retrouver sa superbe d'autrefois.

Lors des guerres de religion qui se dérouleront durant la deuxième moitié du 16^ème siècle, la chapelle de la commanderie sera saccagée et presque entièrement détruite quelques années plus tard, vers 1573.

Plusieurs sources du 18^ème et du 19^ème siècle nous montrent la lente destruction de la chapelle exercée par le temps et les hommes.
Petit à petit au cours des siècles, les bâiments de la commanderie seront démolis chacun à leur tour et remplacés par de nouvelles constructions.

Seul vestige restant de la chapelle, l'archivolte d'une des fenêtres a pu être conservée et se trouve dans un musée de La Rochelle ainsi que des fragments de tombes et de sarcophages découverts lors de travaux effectués dans le cimetière de la commanderie.