Après le concile de Troyes de 1129, Hugues Rigaud⁽¹⁾ est chargé de se rendre en Catalogne pour y recueillir les premières donations et s'assurer des premières implantations de l'Ordre dans cette région.
En 1132, il reçoit les premières donations faites par Guillaume, seigneur de Villemolaque⁽²⁾ et sa femme Orgollosa qui donnent la dîme de leur village à l'Ordre, et ensuite, c'est Bernard 1^er et son frère Pierre 1^er, co-seigneurs de Banyuls Dels Aspres⁽³⁾, qui lui donnent une métairie située à proximité de leurs terres. Enfin, en 1133, une donation faite par Dona Azalaïdes d'un alleu⁽⁴⁾ vient compléter les premières. Cet alleu prendra le nom de Mas-Déu.

En 1137, le nom de Mas Déu apparaît pour la première fois dans des chartes. En 1138, les Templiers édifient une chapelle à cet endroit sous le vocable de Sainte Marie. On peut ainsi voir que 5 ans après les premiers dons, les Templiers ont déjà pu fonder un important domaine comprenant une maison, une église et le cimetière qui va avec.

La commanderie va continuer à se développer et vers la fin du 12^ème siècle, on voit apparaître ses premières dépendances : les commanderies de Palau-del-Vidre et du Mas de la Garrigue. Au début du 13^ème siècle, c'est une maison à Perpignan qui apparaît et d'autres dépendances dans le Roussillon et en Fenouillèdes.
L'importance qu'acquiert la commanderie en fait vite un imposant domaine ainsi qu'un lieu de rassemblement pour les départs de guerriers vers la Péninsule Ibérique et la "Reconquista".

Raymond de Saguardia, commandeur du Mas Déu à la fin du 13^ème et adjoint du maître du Temple d'Aragon pour la Catalogne, continue à asseoir la puissance de l'Ordre dans la région. Il devient même l'un des plus importants conseillers dru roi de Majorque, Jaime II.
Sous son égide, le Mas-Déu continue à se développer et installe de nouvelles implantations, comme par exemple à Saint-Hippolyte et Pont-Couvert-sur-Réal.

En novembre 1307, le roi de Majorque reçoit une lettre de Philippe IV "le Bel" datée du 26 octobre de la même année annonçant la découverte des crimes commis par les Templiers et l'exhortant à arrèter les membres de l'Ordre présent dans son royaume. Jaime II répond à Philippe IV qu'il est stupéfait d'apprendre de telles informations à propos des chevaliers du Temple dont il ne peut que faire l'éloge et qu'il ne fera rien à leur encontre sans avoir reçu de directives du pape Clément V. Mais, pressé par le roi de France, par les évêques de Valence et de Saragosse, ainsi que par l'inquisiteur pour la province d'Aragon, Jaime II se décide vers la fin novembre - début décembre à faire arrêter les Templiers présents dans son royaume.

La majorité des Templiers du Roussillon seront amenés et gardés sous bonne garde dans leur commanderie du Mas-Déu. A cette époque, Raymond de Saguardia est en mission en Catalogne lorsqu'il apprend l'arrestation des membres de son Ordre et se réfugie dans la forteresse templière de Miravet d'où il refuse de sortir et soutient le siège des forces du roi d'Aragon pendant une année entière. Après de nombreuses interventions d'émissaires royaux et papaux, un accord est trouvé et Raymond de Saguardia se décide à se rendre au Roi. Après avoir été gardé prisonnier à Miravet plusieurs mois, Raymond de Saguardia est remis au Roi de Majorque et reconduit au Mas Déu pour y être gardé prisonnier en septembre 1309.

Avant le retour de Saguardia, les Templiers rousillonais n'avaient pas encore été interrogés. Ils étaient restés assignés à résidence pendant ces 2 ans. Ce n'est qu'en janvier 1310, avec le synode épiscopal d'Elne, que la première commission d'enquête est mise en place et que les premiers interrogatoires débutent. Ceux-ci sont rondement menés et se terminent fin janvier. En 1312, l'Ordre est officiellement aboli par une bulle papale. En Roussillon, le concile régional règle le sort des Templiers dont aucun n'est reconnu coupable. Ils sont absous et astreints à résidence, hormis ceux qui choisissent d'intégrer d'autres Ordres. Les Templiers qui ont survécu à toutes ces années d'emprisonnement sont gratifiés d'une pension qui atteint la somme de 7000 sols de Barcelone pour Raymond de Saguardia. Les archives ont gardé les noms de ces Templiers survivants ainsi que des sommes qui leur ont été allouées.

De nos jours, de l'imposante maison, il ne nous reste que la chapelle relativement bien conservée ainsi que des ruines du mur d'enceinte, des tours et de la maison du commandeur. La commanderie était bâtie sur un plan trapézoïdal avec une tour à chaque angle. Il ne reste les vestiges que de deux d'entre elles. En 1944, l'explosion du dépôt de munition que les allemands avaient installé dans ses murs à complètement détruit la maison des Templiers.
Devant la chapelle, le puit creusé par les Templiers est toujours là et offre toujours de l'eau aux occupants des lieux.
Aujourd'hui, la commanderie est située à cheval sur deux propriétés privées et n'est pas ouverte au public sans l'autorisation des propriétaires des lieux.