Les archives de la commanderie n'ont pas conservé la charte de sa fondation. Elle existait déjà en 1142, puisque c'est l'année où le Temple de Montsaunès se voit recevoir une donation par Fourtanier de Toulouse [1]. Au fur et à mesure des nombreuses donations en terre et en biens par les seigneurs locaux entre 1156 et 1193, la commanderie se présente rapidement comme la principale commanderie de Haute-Garonne. Ce titre fut confirmé par le pape Alexandre III en 1170 lorsque celui-ci donna sa protection apostolique aux troupeaux et aux domaines. La notoriété de la commanderie au milieu du XIIe siècle permit à certains nobles de la région de prononcer les vœux à l'ordre du Temple. On peut citer entre autres Raimon At d'Aspet (1156) et Raimon Guilhem de Couts (1168). La principale activité de Montsaunès fut l'élevage, la culture des céréales et de la vigne. À la fin du XIIIe siècle, les Templiers de Montsaunès octroyèrent des libertés et franchises à plusieurs villes et dépendances de la commanderie. Après la suppression de l'ordre du Temple, Montsaunès devint une des principales commanderies de l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem, avec ses dépendances à Mazères-sur-Salat, Ausseing, Plagne, Figarol, Cadelhan, Salles, etc.[2]. Une fois sous possession hospitalière la commanderie porta son attention sur ses fortifications jugées insuffisantes, et Raymond de Lescure, alors prieur de Toulouse, fit élever à partir de 1397 un fort composé de maisons entourées d'un mur de défense[3]. Mais durant les guerres de religions, la richesse de la commanderie s'amenuisa à tel point qu'à la fin du XVIe siècle, les rentes et redevances ne pouvaient plus être honorées. Le village se trouve sur une colline face aux deux grands débouchés sur la plaine Toulousaine que sont les vallées du Salat et de la Garonne, dominant leur confluent.

Le village semble avoir existé avant l'arrivée des Templiers comme le laisse croire les nombreuses découvertes effectuées aux alentours de l'église : Une tombe probablement mérovingienne (non datée mais en tout cas antérieure à l'arrivée des Templiers), un sarcophage orné d'un chrisme ainsi qu'un probable tumulus Celte jamais exploré !
Il est à noter que le nom de Montsaunès viendrait de Montis Salinensis, nom donné par les romains qui exploitaient le sel à cet endroit (aucune trace d'habitations) ainsi que des eaux thermales, à 5 km de là, à Salies du Salat.

Les Chevaliers du Temple se sont sans doute installés à Montsaunès vers arriver vers l'an de grâce 1140. En effet, aucune date précise ne peut être donnée : il n'existe aucun document antérieur à 1156, date indiquée sur le cartulaire de la commanderie que l'on peut voir aux archives départementales.
On pense que les premières terres auraient pu être données par la famille De Pin qui, alliée aux Comtes de Comminges, donna plusieurs Chevaliers aux Templiers ainsi qu'aux Hospitaliers. Mais, quoi qu'il en soit, cette installation précoce s'explique assez bien du point de vue historique : ces dates correspondent à la plus forte action menée contre les Maures aux confins du Comminges et du Couseran.

De plus, les Hospitaliers étaient déja intallés dans les Pyrénées aux endroits les plus fréquentés et les moins sûrs. Donc, il ne serait pas étonnant que les Templiers, appelés à la rescousse par les Chevaliers de St Jean, vinrent à la première occasion, leur mission n'étant-elle pas de protéger les pélerins contre les Maures ?
Les Pyrenées devinrent donc une seconde terre Sainte. A la même époque, la Commanderie de la Nougarède, dans le comté de Foix, à une centaine de km de là, fut construite. Son rôle était identique à celle de Montsaunès, le but étant de défendre la vallée de l'Ariège autre lieu à "haut risque".

La Commanderie de Montsaunès était par sa situation et par ses biens la plus grande de ce versant des Pyrénées et se trouvait sur la route de St Jacques de Compostelle et celle reliant Toulouse à Bayonne.
On sait très peu de choses sur le rôle, aussi bien militaire que politique, des chevaliers de Montsaunès et ce jusqu'a leur extermination en 1312. La commanderie fut "donnée" aux Hospitaliers puis revint en 1789 à l'Etat Français.

A 3km de Montsaunes, dans le petit village de Mazères-sur-Salat, les Templiers possédaient également une petite chapelle dédiée à Sainte Matrone. Cette chapelle fut acquise à l'abbaye d'Alet (Aude).

C'est une chapelle de style roman se présentant sous la forme d'une nef unique de plan rectangulaire, dont un des côté se termine par une abside plus étroite terminée en cul de four. En dehors de la porte, seules quatre achères donnent un peu de lumière dans l'édifice.

Après avoir traversé l'épreuve des siècles, la chapelle est démantelée lors de la Révolution. En 1975, une association obtient le classement de l'édifice et en 1993, un important chantier de restauration permet de remettre la chapelle sous toit et de réparer les maçonneries les plus endomagées.