Vers 1159, Gualdim Païs, maître de l’Ordre du Temple au Portugal, reçoit du roi Afonso Henriques, le château en ruine de Ceras⁽¹⁾, ainsi que toutes les terres des alentours s’étendant entre les rivières Mondego, Zêzere et le Tage. Gualdim Païs estimant que Tomar, situé à quelques kilomètres de là offrait une position stratégiquement mieux adaptée, cessera la reconstruction de Ceras pour y édifier une nouvelle forteresse, sur une colline dominant la rive droite de la rivière Nabão. Les travaux de construction de la forteresse débutent le 1^er mars 1160, date à laquelle le développement du village de Tomar prend également son essor.

En 1169, les Templiers se voient confirmer leurs domaines de Tomar ainsi qu’un tiers de tous les territoires situés au sud du Tage qu’ils aideront à conquérir. En 1170, la construction du Château d’Almourol sur une île du fleuve, quelques kilomètres au sud de Tomar, viendra compléter l’ensemble des forteresses défendant la ligne du Tage.

En 1190, Abou Youssouf Al Mansour, calife Almohade du Maroc, lance une grande offensive contre les terres chrétiennes et arrive jusqu’à Tomar qu’il assiège. Les défenseurs, commandés par Gualdim Païs en personne, livrènt des combats tellement acharnés pour défendre les portes de la ville qu’une de celles-ci, la porte d’Almedina où les combats les plus violents se sont produits, sera rebaptisée la "Porte du Sang (Porta de Sangue)". Cette victoire écrasante contre les Musulmans confirmera la puissance militaire de l’Ordre et en fera un acteur incontournable de la Reconquista dans le jeune royaume du Portugal.

Tomar sera le siège de l'Ordre jusqu'en 1214, date à laquelle il sera transféré à Castelo Branco. Tomar regagnera son statut de siège d'un ordre monastique en 1357⁽²⁾, lorsque l'Ordre du Christ, créé officiellement en 1319, s'y installera jusqu'à sa dissolution en 1834.

La forteresse templière est une partie de la cité fortifiée du vieux Tomar que l’on pourrait appeler la maison militaire. Cette forteresse a une forme de quadrilatère aplati, dont l’extrémité sud-est est constituée de la citadelle et l’extrémité ouest la chapelle circulaire fortifiée. Ces deux fortifications sont reliées par des murs garnis de tours rondes et carrées sur le côté nord. La citadelle en elle-même est constituée d’une massive tour carrée, "la Torre de Menagem", ceinte d’une muraille circulaire. A l’intérieur de cette muraille, ont peut encore voir des traces des fondations de bâtiments militaires ainsi qu’un puits. L’espace situé entre ce donjon et la chapelle était garni de plusieurs bâtiments nécessaires à la vie conventuelle des frères : dortoir, réfectoire, salle capitulaire,...

La cour du château, place relativement plane actuellement mais qui devait l’être beaucoup moins à l’époque templière, était constitué de plantations nécessaires à la vie du village et de la forteresse. A l’extrémité sud-est se trouve une grosse tour carrée qui était le siège du commandeur de Tomar. Un second mur relie cette tour à la chapelle.

Pour accéder à cette partie, il faut tout d’abord passer la porte de la barbacane, "Porta de Sao Tiago", défendue par la citadelle templière et passer ensuite la Porte du Soleil, "Porta do Sol". A proximité immédiate de cette porte, se trouvait un petit ermitage consacré à Santa Maria Do Castelo. La chapelle de l’ermitage sera transformée plus tard en église paroissiale. Cet ermitage a complètement disparu, à l’exception d’une petite partie de son mur d’enceinte et du clocher de la chapelle, accroché dans la muraille.

La partie basse était quant à elle constituée du village même de Tomar et était également entourée d’une muraille garnie de tours défensives rondes et carrées partant de la chapelle et rejoignant la tour du Commandeur. Une seule porte dans la muraille donnait accès à ce village. Il s’agit de la fameuse "Porte du Sang (Porta de Sangue)".

La chapelle est construite sur base d’un polygone à 16 côtés et est renforcée d’épais contreforts lui donnant un aspect très massif. Les meurtrières dans la tour du clocher et le peu de fenêtres situées dans les murs confèrent à cet édifice religieux un important rôle défensif. Le portail actuel de la chapelle n’existait pas à l’époque templière⁽³⁾ et l’entrée se faisait par une petite porte située du côté est, près de l’endroit où maintenant le cloître du cimetière rejoint la chapelle⁽⁴⁾.

L’intérieur de la chapelle est constitué de deux parties distinctes. Une première partie est constituée de l’autel qui est ceint d’arcades à chapiteaux. La deuxième partie est constituée du déambulatoire situé entre ces arcades et les murs extérieurs. L’ensemble de la chapelle est décoré de façon exubérante, du sol au plafond. Ces peintures sur panneaux et fresques datent pour la grande majorité d’entre eux de l’époque manuéline et représentent des figures bibliques, des anges, des saints, le Christ, la Vierge Marie,… La grande majorité de ces décorations date du 16^ème siècle⁽⁵⁾. C’est aussi à cette époque que le mur ouest de la chapelle a été percé pour l’agrandir avec l’adjonction d’une nef.

En 1420, le maître de l’Ordre du Christ, Dom Henrique⁽⁶⁾, chercha à redonner une dimension conventuelle à Tomar et entama des travaux de construction de deux cloîtres dans la partie nord de la partie templière. Le premier de ceux-ci, appelé cloître du cimetière, était destiné à accueillir les dépouilles des chevaliers et des religieux de l’Ordre, les frères servants et les laïcs étant quant à eux enterrés dans le petit ermitage à l’entrée de la forteresse. Ce cloître, de plan rectangulaire, possède une galerie voûtée reposant sur une double rangée de colonnades aux fûts lisses et surmontées de chapiteaux aux motifs végétaux. Le sol de cette galerie est composé de pierres tombales et la partie inférieure des murs est recouverte d’azulejos⁽⁷⁾. Dans les murs, plusieurs sépultures ont été creusées, dont celle de Dom Diogo de Gama, frère du célèbre navigateur Vasco de Gama. Dans l’angle nord de ce cloître, on peut remarquer la présence d’une chapelle particulière, appelée "Chapelle des Portocarreiros"⁽⁸⁾. La décoration intérieure est constituée uniquement de pierres sculptées et d’azulejos dont certains représentent des scènes de la vie du Christ.

Presque au milieu du mur nord-ouest, s’ouvre une grande pièce rectangulaire, occupée aujourd’hui par le magasin du musée. Cet endroit était la sacristie "Philippine", dont les historiens de l’art et les archéologues datent la construction de l’époque du roi du Portugal Philippe III⁽⁹⁾, vers 1620. Presque dans l’angle sud du cloître, s’ouvre une porte donnant dans ce qui est appelé l’ancienne sacristie et qui occupe l’espace d’une chapelle dédiée à Saint Georges bâtie à cet endroit à l’époque de Dom Henrique.

Deuxième cloître bâti à l’époque de Dom Henrique et situé à l’est du premier, le cloître du lavage, de forme carrée, s’élève sur deux étages car il occupe un creux naturel qui se trouvait au pied du tertre où a été érigée la chapelle. La partie ouverte montre deux bassins de récupération des eaux de pluie, ainsi qu’un puits-citerne. L’étage inférieur sert actuellement à l’entreposage des pièces archéologiques découvertes lors des différents travaux effectués dans tout le château et le couvent. Les murs de l’étage supérieur sont décorés de la même façon que le cloître du cimetière avec des azulejos.

La construction de toute la partie du couvent située à l’ouest de la chapelle a demandé d’énormes prouesses techniques, car toute cette partie est bâtie sur le flanc de la colline occupée par la chapelle. Lorsqu’on regarde le pied des murs extérieurs de l’enceinte du couvent, on peut remarquer l’importance des glacis qui ont dû être érigés afin de garantir la stabilité de l’ensemble des bâtiments.

La deuxième grande époque de construction du couvent date du début du 16^ème siècle à l’époque du roi D. Manuel 1^er(10) qui donna son nom à cette particularité qu’est le style Manuélin. Comme on l’a vu plus haut, le mur ouest de la chapelle a été percé d’une arche pour permettre son agrandissement en lui ajoutant une nef. Cette nef tout comme le cloître du lavage, est construite sur le flanc de la colline et comporte deux étages. La partie supérieure servant de chœur et la partie inférieure de sacristie. L’arche massive séparant la chapelle du chœur contraste fortement avec la légèreté des voûtes manuéline de celui-ci. Le chœur est éclairé par d’imposantes fenêtres situées dans les murs nord et sud, tandis que le mur ouest est orné d’un imposant œil-de-bœuf. La sacristie est quant à elle éclairée par la célèbre fenêtre manuéline. Au 16^ème siècle, cette sacristie perdit son usage initial pour devenir la salle capitulaire de l’Ordre. L’accès au chœur se fait par l’imposant portail manuélin situé sur le parvis, du côté sud. C’est un énorme portail composé de trois archivoltes d’arcs de plein cintre reposant sur des piliers gothiques. Le fronton situé au dessus du portail est décoré de plusieurs statues dont une de la vierge et est terminé par un dais caractéristique du style manuélin.

Face à ce portail, se trouvent les vestiges de l’ancienne maison du chapitre dont les archéologues et historiens de l’art s’accordent à dire que sa construction a débuté au début du 16^ème siècle avant d’être abandonnée pour permettre la construction de cloîtres et bâtiments plus importants. C’est à cette époque que la sacristie située au sous-sol de l’église deviendra salle capitulaire. Les ruines de la maison du chapitre nous montrent une construction à deux étages dont la partie inférieure était destinée aux religieux et la partie supérieure aux chevaliers.

A l’arrière de l’église manuéline, le premier cloître auquel on accède est celui de Sainte-Barbe. Plus précisément, on arrive d’abord à la plate-forme supérieure du cloître. De cette plate-forme il nous est loisible d’admirer la complexité de la décoration manuéline de la fenêtre de la sacristie ainsi que la masse imposante des contreforts destinés à supporter l’ensemble du poids de l’église, construite en porte-à-faux au-dessus d’un petit ravin. A priori, ce cloître n’a d’autre fonction que celle de servir de liaison entre les bâtiments qui l’entourent.

Ainsi, aussi bien la plate forme supérieure du cloître de Sainte-Barbe que sa galerie inférieure communiquent et à la limite se confondent dans les différentes parties du cloître de l’Hostellerie qui le borde au nord. Ce cloître, comme son nom l’indique était destiné à l’hébergement des visiteurs du Couvent. Des côtés nord et ouest, le cloître s’élève sur trois niveaux. Si du côté nord, ce troisième niveau est fermé par un mur muni de petites fenêtres carrées, le côté ouest offre plutôt la vision d’une terrasse en pergola ouverte vers le levant et offrant une grande partie de l’église à la vue.

Au nord du cloître de l’Hostellerie, se trouve la conciergerie datant du 17^ème siècle. Cette conciergerie fut construite pour doter le couvent d’une entrée noble et fonctionnelle. Le vestibule, doté d’une triple volée d’escaliers donne dans un petit salon, baptisé "Salle des Rois". Cette conciergerie jouxte l’ancienne infirmerie conventuelle aujourd’hui occupée par un hôpital militaire. Cette infirmerie occupait l’espace situé entre les cloîtres du Cimetière et du Lavage et la muraille extérieure de la forteresse.

Au sud du cloître de Sainte-Barbe, se trouve le cloître le plus imposant du Couvent. Il s’agit du cloître principal ou cloître des Philippes, bâti lui-même sur les fondations du cloître de João III⁽¹¹⁾. Au début du 16^ème siècle, le successeur de Manuel 1^er, João III fait entreprendre des travaux afin de créer un cloître digne de ce nom entre l’église et la partie réservée aux dortoir des frères. Ce premier cloître donnait accès d’un côté au niveau inférieur de la maison du chapitre, au couloir menant aux dortoirs et au réfectoire des frères de l’autre et une troisième menant directement à la sacristie ou salle capitulaire de l’église. En 1540, João III fit interrompre les travaux et ce n’est que vers 1564 que ceux-ci reprirent pour former ce que l’on appelle aujourd’hui le cloître des Philippes. Ce cloître est construit sur deux étages recouverts d’une large terrasse. Chaque côté des galeries est muni de trois grands arcs en plein cintre séparés chacun par un portail rectangulaire surmonté d’une fenêtre carrée au premier niveau et ronde au second. Les angles du cloître sont coupés, ce qui donne une légère impression octogonale. Dans les angles sud-ouest et nord-est se trouvent des escaliers hélicoïdaux permettant l’accès aux différents étages ainsi qu’à la terrasse. Sur celle-ci, les escaliers sont surmontés d’une guérite en forme de coupole. Au centre de la partie ouverte, on peut remarquer une imposante fontaine dont le socle représente la croix de l'Ordre.

Entre ces trois premiers cloîtres et la partie la plus occidentale du couvent, nous trouvons les deux couloirs menant aux cellules monastiques et aux dortoirs. Ces couloirs forment une croix latine et sont orientés nord-sud et est-ouest. Ces couloirs se situent au niveau du deuxième étage du cloître principal. Dans le bras est de la croix, se trouve la chapelle du Transept datant également du 16ème siècle. Au niveau inférieur, sous les cellules et dortoirs des frères, se trouve le quartier destiné aux novices. Il s'agit d'un couloir voûté assez bas s'orientant d'est en ouest et situé exactement sous celui réservé aux frères.

La dernière partie du Couvent, la plus occidentale est constituée de trois cloîtres : Le Cloître de la Miche, le Cloître des Corbeaux et le Cloître des Nécéssités. Le premier de ceux-ci, le cloître de la Miche doit son nom à une sorte de petit pain de maïs au miel qui était fabriqué dans l'énorme four situé dans une pièce dans la partie ouest du Cloître. Cet énorme four pouvait fournir le pain nécessaire à la vie du Couvent, mais aussi pour faire les aumônes aux pauvres qui se pressaient aux portes de la conciergerie pour recevoir de la nourriture. Dans la partie sud de ce clôitre, on accède au sous-sol où on retrouve les caves, cuisines, réserves de blé et réserves à huile dont une des clés de voûte a un bien étrange aspect.

Le deuxième cloître de cette aprtie, est le Cloître des Corbeaux. Ce cloître se différencie des autres de par la présence d'un petit jardin dans son espace ouvert. Les bâtiments donnant dans ce cloître sont presque exclusivement ceux des cellules et des dortoirs. c'est peut-être la raison de la présence de ce jardin au milieu, pour inspirer à la méditation et à la contemplation. La partie sud de ce cloître est addossée à l'imposant aqueduc qui alimente le Couvent en eau potable.

Le dernier cloître du couvent, petit par la taille mais dont l'utilité n'était pas la moindre, est le cloître des Nécéssités. Comme son nom l'indique, c'est à cet endroit que se trouvaient les différentes pièces nécessaires à l'hygiène des frères et des occupants du couvent.