Au 6^ème siècle, les environs du village actuel de Kwidzyn étaient habités par les Pomésaniens, une des nombreuses tribus Prusse⁽¹⁾ occupant le territoire de la Pologne actuelle.
Dans la première moitié du 12 ^ème siècle, le prince Konrad Mazowiecki (prince de Mazovie)⁽²⁾ fait venir les Teutoniques sur ses terres, dans la région de Chełmno, pour défendre les frontières polonaises contre les attaques des Prusses.

Dès leur installation, les Teutoniques commencent des expéditions dans les territoires de ces tribus. L’une de ces premières expéditions mène l'Ordre Teutonique dans les environs de l’actuelle ville de Kwidzyn et dans l’un des méandres de la rivière Liwa, sur une haute berge de la vallée de la Vistule (la Liwa coule parallèlement à la Vistule pendant presque 30 km mais elle se jette plus loin dans la Nogat). Ils s'emparent du gród⁽³⁾ prusse de Kwedis (Kwidzyn) et le fortifient.

A partir de 1233, le village de Kwidzyn qui s'est installé au nord du fort, devient le siège du commandeur teutonique de Prusse ainsi que la capitale temporaire des nouveaux territoires conquis. Le fort se développera pour servir de base militaire pour les futures expéditions.

Lors de la premère insurrection des Prusses⁽⁴⁾, le fortin et la ville seront très fortement endommagés en 1243. Le fortin en bois sera alors reconstruit encore une fois, cette fois, il fera la place à un véritable château en pierres et en briques.

En 1254, Ernest⁽⁵⁾, premier évêque du nouvel évêché de Pomésanie décide de transférer le siège du diocèse de Prabuty (Riesenburg) à Kwidzyn. Les Teutoniques lui donneront alors leur château nouvellement reconstruit.

Après le transfert de leur château à l'évêché de Pomésanie, les Teutoniques décident de construire une nouvelle forteresse en briques au nord de la ville, juste à côté de l'église qui deviendra par la suite la nouvelle cathédrale. La ville s'étendra également vers le sud-est. A partir de 1336 Kwidzyn est entouré par un mur d’enceinte en pierres et en briques comprenant trois portes et onze tours.

Le château est érigé sous forme de quadrilatère, comme c'est souvent le cas chez les Teutoniques, d'environ 50 mètres de côté. L’angle sud est constitué de la plus grande tour, utilisée d'abord comme tour de guet et ensuite comme clocher, mesurant 59 mètres de haut. Les trois autres angles du château sont occupés par de plus petites tours, d'une quanrantaine de mètres de haut.
Les ailes du château sont construites successivement, d’abord l’aile est puis sud et ouest et à la fin l’aile nord avec la grande porte d’entrée qui donnait sur le château-bas (Basse-cour). La plus grosse partie des travaux est terminée avant 1350. La tour sanitaire ("gdanisko") et la tour du puits datent quant à elles des années 1380.

Les travaux d'agrandissement de l'église débuteront en même temps que les travaux de l'aile est du château, aile à laquelle elle est accolée. La nef mesure 86 mètres de longueur, 25 de largeur et culmine à 21 mètres. Chaque bas-côté de 14,5 mètres de haut est soutenu par des contreforts. Le caractère fortifié du bâtiment est encore souligné par la construction de deux tours placées entre la nef et le chœur. En 1285, cette église obtient le statut de cathédrale.
La voûte d’ogive et les éléments polychromes sur les murs décoraient un intérieur très grand et assez sobre.

Deux grands maîtres teutoniques ont été enterrés dans la crypte de la cathédrale : Werner von Orseln assassiné à Malbork en 1330 et Ludolf Konig mort en 1348. En 2009, des fouilles archéologiques ont été entreprises sous la sacristie de la cathédrale et le tombeau d'un troisième Grand-Maître, Heinrich von Plauen (maître de 1410 à 1413) a été découvert dans une crypte.

Apres la conquête totale de la Prusse en 1283, Kwidzyn se retrouve intégré dans l’état teutonique et pendant 130 ans, la ville devient relativement prospère et profite du calme de par sa situation loin des champs de bataille.
Avec le 15^ème et le début du 16^ème siècle, arrive la longue période de guerres entre la Pologne et l’Etat Teutonique avec des périodes de sièges et de pillages se succédant aux périodes plus tranquilles de reconstruction. C'est à cette période que le premier château, donné à l'évêque, sera démantelé pour servir de carrière pour la reconstruction du deuxième château.

Après la sécularisation de l’Ordre Teutonique en 1525, ses territoires deviennent la Principauté de Prusse, état vassal du Royaume de Pologne. Kwidzyn deviendra alors le siège du staroste⁽⁶⁾ qui résidait au château.
A cette époque, Kwidzyn se développa très vite en tirant profit de l’agriculture, de la production de boulets de canon et du commerce de blé sur la Vistule. Un port sera alors construit sur ce fleuve à 5 km de la cité, à proximité de l'actuel village de Korzeniewo.

Au cours du 17^ème siècle, période de guerre entre la Pologne et la Suède⁽⁷⁾, Kwidzyn ne subit pas de grosses pertes, même si les Suédois envahissent la ville et exigent des habitants un lourd tribut financier. Après la paix d’Oliwa signée en 1660, le roi polonais Jan Kazimierz rend la souveraineté de Kwidzyn à la Principauté de Prusse.

Au 18^ème siècle, Kwidzyn restera loin des champs de bataille mais se rerouvera au centre des évènements politiques.
Au cours de la Grande Guerre du Nord⁽⁸⁾, le Tsar de Russie Pierre I^er et le roi de Prusse Frédéric-Guillaume I^er se rencontreront dans la ville pendant 10 jours pour y discuter de leurs actions militaires communes.

Après les partages de la Pologne et la disparition de l'état polonais qui ont eu lieu à la fin du 18^ème siècle, Kwidzyn se retrouvera dans l’Etat de Prusse qui englobait alors les terres de Prussie (Electorat de Brandebourg), les terres annexées de l’ancien royaume de Pologne et la Prusse Orientale, héritière de l’ancien Etat Teutonique.

A la fin du 18^ème et au début du 19^ème siècles, le château sera le siège d’un tribunal, mais le mauvais état du bâtiment exigera son déménagement. Pour construire un nouveau bâtiment, les prussiens démoliront les ailes est et sud du château et en récupéreront les briques. Heureusement, ce procédé ne sera pas très efficace et le château survivra, mais amputé de deux ailes.
Pendant les guerres napoléoniennes, Kwidzyn abritera le quartier du général Lefèbvre ainsi qu'un grand hôpital militaire français.

On doit l’état actuel du château aux travaux de conservation et de reconstruction menés au cours du 19^ème siècle.
A la fin de la Deuxième Guerre Mondiale, l'armée soviétique épargnera le château mais détruira complètement la ville lors de son avance vers l’Allemagne.

Actuellement on peut visiter le château toute l’année. Les différentes salles et les deux tours accueillent des expositions permanentes et temporaires.
Une partie des caves est également accessible aux touristes.