L'acte le plus ancien concernant la commanderie de Villeneuve est daté de 1227 et concerne un accord passé entre le commandeur des Epeaux, le commandeur de Villeneuve et le seigneur de Royan.
Vers le milieu du 13^ème siècle, la commanderie de Villeneuve devient membre de la commanderie des Epeaux.

L'enquête pontificale de 1373 nous renseigne sur l'état des biens que les Hospitaliers ont hérité des Templiers.
L'enquête montre que la commanderie possédait bien une chapelle et que comme pour les autres commanderies du Saintonge, la peste et la guerre ont provoqué son appauvrissement.

A partir du 16^ème siècle, la commanderie recommence à prospérer et des travaux sont entrepris pour restaurer et reconstruire des bâtiments.
Au 18^ème siècle, d'importants travaux sont effectués pour rénover la chapelle dont le toit et la voûte menacent de tomber.
La chapelle sera probablement détruite lors de la Révolution ou au plus tard au début du 19^ème siècle.