Le plus ancien document mentionnant l'existence de la commanderie templière des Epeaux date de 1227, mais il est plus que probable que la construction des bâtiments date de la deuxième moitié du 12^ème siècle comme en témoigne les quelques vestiges encore visibles de la chapelle.

La commanderie se développe très rapidement et crée une dépendance à Beloire. Au cours du 13^ème siècle, les domaines de la commanderie produisent tellement de denrées que les Templiers en font le commerce dans les foires et marchés de la région. A cette même époque, la commanderie de Villeneuve est rattachée à celle des Epeaux.

Le dernier commandeur templier des Epeaux était Hugues de Narzac, auparavant commandeur de Châteaubernard et d'Angles. Le compte rendu de son interrogatoire qui a eu lieu en 1311 devant la commission pontificale, mentionne qu'il a alors quarante ans et qu'il a été reçu vers l'âge de 15 ans dans la chapelle du temple du Dognon.

Après la dévolution des biens du Temple à l'Hôpital, et comme toutes les commanderies du Saintonge, celle des Epeaux a été une victime collatérale de de la guerre de Cent Ans⁽¹⁾ entre la France et l'Angleterre. Elle a également subi les effets de la grande peste de 1348⁽²⁾, voyant ainsi ses revenus presque anéantis, comme le montre l'enquêe pontificale de 1373.

Après la guerre, la commanderie recommence doucement à devenir prospère mais sans atteindre le niveau qu'elle avait à la fin de l'époque templière.
A la fin du 15^ème siècle, les Hospitaliers réorganisent leurs domaines et les Epeaux devient le chef-lieu d'une immense baillie recouvrant les maisons de la Saintonge méridionale plus quelques autres.

Plusieurs procès-verbaux de visites prieurales nous renseignent sur l'évolution des bâtiments de la commanderie au cours du temps, ce qui fait que la disposition actuelle n'a plus aucun point commun avec l'agencement initial.