A l'origine, la paroisse de Bas-Warneton comprenait ce que sont devenus actuellement les villages de Bas-Warneton en Belgique et de Warneton-Bas en France séparés par la Lys. Cette rivière séparait les châtellenies de Lille et de Warneton. En 1713, le traité d'Utrecht coupera définitivement la paroisse et la Lys deviendra une frontière naturelle entre la Belgique et la France.⁽¹⁾.

Vers la mi-septembre 1128, plusieurs des fondateurs de l'Ordre⁽²⁾ se trouvent à Cassel pour recevoir une donation importante de Thierry d'Alsace⁽³⁾, Comte de Flandre. Cette donation concernait l'abandon du relief⁽⁴⁾ de ses terres en Flandre ainsi que des fiefs dépendant de ses vassaux.

En janvier 1239, Baudouin III⁽⁵⁾, seigneur de Comines, édicte une charte par laquelle il fait don d'une terre de 5 bonniers⁽⁶⁾ situés le long de la Lys sur le territoire de Bas-Warneton au profit de l'église templière de Ypres. Dans cette charte, il abandonne également les droits de haute, moyenne et basse justice qu'il possédait sur ces terres aux frères du Temple. Cette charte est confirmée en mai de la même année par Baudouin IV le Jeune⁽⁷⁾, fils aîné du sus-nommé.

La commanderie de Bas-Warneton, de bien moindre importance que ses voisines de Saint-Léger et Ypres ne vivait que du revenu des reliefs, des droits de Justice des dîmes et de la cens que lui procurait ses terres.
A l'exception d'une montée de terre en forme de U, qui servait peut-être de débarcadère, il ne reste aucun vestige matériel de la maison du Temple de Warneton.
D'après le chapitre général de l'Ordre de 1293, la commanderie ne comptait à cette époque que deux frères sergents.

En janvier 1297, Guy Dampierre, Comte de Flandre s'allie avec le roi d'Angleterre Edouard I^er "le Sec" contre le roi de France Philippe IV "le Bel". La réaction de ce dernier ne se fait pas attendre et en mars de la même année, les armées françaises attaquent la Flandre.
La ville de Comines est investie le 20 mars, mais les milices flamandes, retranchées sur la rive 'belge" dela Lys résistent victorieusement aux troupes françaises.
De rage, ceux-ci boutent le feux à la partie sud de la ville. Warneton subit le même sort et est complètement détruite par les flammes. La chronique⁽⁸⁾ précise qu'il ne reste plus aucune habitation debout entre Warneton et Lille.

Personne ne sait si la commanderie de Warneton a été épargnée par la fureur incendiaire française. Mais, étant donné que le nom de "temple" est resté dans la toponymie de l'endroit jusque dans la seconde moitié du XV^ème siècle, on peut supposer que le domaine subsista en tout ou en partie jusqu'à cette époque.