La première mention de l'existence d'une maison du Temple au Fouilloux date de 1171 et figure dans un acte arbitrant un conflit entre les Templiers et l'abbaye de Saint-Amand-de-Boixe⁽¹⁾ au sujet de la perception de la dîme d'une terre située entre la maison du temple de Fouilloux et le village de Coulonges.

En 1207, un autre document réglant à nouveau un problèmes entre les Templiers de Boixe et la même abbaye mentionne que le frère Aimery Lambert était commandeur des maisons de Boixe, d'Angoulême et du Fouilloux.

Lors de la dévolution des biens de l'Ordre du Temple aux Hospitaliers, la commanderie du Fouilloux devient membre de la commanderie de Beauvais-sur-Matha.

Comme pour les autres commanderies de la région, Beauvais, Boixe,... la Guerre de Cent Ans⁽²⁾, la peste et les Guerres de Religion⁽³⁾ auront raison de son développement économique. Les bâtiments seront désertés et laissés à l'abandon.

A la fin du 16^ème siècle et au début du 17^ème, des travaux sont entrepris pour remettre les lieux en état, on reconstruit un logement, des granges, des écuries, des caves ainsi que la chapelle.
Les ruines de la chapelle sont les seuls vestiges encore visible de cette commanderie.